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2014 Resumen: Verdanterra Verdanterra lanzado en febrero y 11 meses más tarde, seguimos creciendo y desarrollando nuevos planes para 2015 y más allá. Desde nuestro exitoso inicio en 2014, prevemos que pronto habrá una marca establecida y respetada en el mundo de la consultoría ambiental. Nos enfocamos en proporcionar orientación regulatoria para desarrolladores, propietarios y operadores de proyectos de infraestructura energética. Hemos creado un lugar de trabajo donde la colaboración, la creatividad, la experiencia y la eficiencia contribuyen a satisfacer las necesidades de nuestros clientes. Tenemos algunas grandes nuevas ideas sobre cómo podemos lograr estas metas, y esperamos 2015 veremos un progreso sustancial en el logro de estos objetivos. Nuestros meses iniciales fueron un poco dispersos frenéticos, pero gracias a una ronda de semillas de éxito, llegamos al suelo en primavera con una base financiera sólida que nos permitió llevar a cabo algunos proyectos emocionantes. Nuestra capacidad de trabajo se expandió rápidamente y, al final de nuestro primer año, Verdanterra ha proporcionado asesoramiento estratégico de regulación, recursos culturales y biológicos en proyectos de infraestructura energética ubicados desde Wisconsin a Florida y de Dakota del Norte a Maine. Cuanto más complejo es el proyecto, mejor nos gusta y más nuestros talentos de personal pueden realmente brillar y ayudar a los clientes con problemas de regulación espinosos. Dirigido por nuestro Director Gerente Jonathan Ryan, creamos el lugar de trabajo y la cultura que buscamos, y estamos listos para crecer significativamente en 2015. Dos metas a corto plazo son clave: involucrarse más en organizaciones locales como Capital Entrepreneurs y comenzar a trabajar en la comunidad- Beneficiando proyectos en asociación con sin fines de lucro, fideicomisos y otras entidades públicas. Los comentarios están cerrados. Registrarse para actualizaciones de eventos públicos: Startup Noticias Blogs de la compañía ArchivesGalaxy Framework Dependencias Galaxy es una gran aplicación de Python con una larga lista de dependencias de módulos de Python. Como resultado, los desarrolladores de Galaxy han hecho un esfuerzo significativo para proporcionar estas dependencias en un método tan simple como sea posible. Antes de la publicación 16.01, esto se hizo distribuyendo dependencias en formato de empaquetado estándar antiguo de Python8217 (Egg) de una manera no estándar. A partir de la versión 16.01, Galaxy distribuye ahora las dependencias en el nuevo formato de empaquetado estándar de Python8217 (Wheel), aunque de manera no estándar. Afortunadamente, el nuevo método de distribución es mucho más compatible con la herramienta de distribución de paquetes estándar (es decir, pip) que con el método antiguo. Cómo funciona Al iniciar (con run.sh), los scripts de inicio: Crear un virtualenv Python en el directorio .venv. Desactive la variable de entorno PYTHONPATH (si se establece), ya que esto puede interferir con la instalación de Galaxy Pip y dependencias. Reemplazar esa pip virtualenv8217s con Galaxy Pip. Si es aplicable, cree un binario-compatibility.cfg (vea la sección de pip y rueda de Galaxy para una explicación de este archivo). Descargue e instale las ruedas del servidor de la rueda de proyecto Galaxy, wheels.galaxyproject.org. Usando pip. Inicie Galaxy usando .venv / bin / python. Opciones Una variedad de opciones para run.sh están disponibles para controlar el comportamiento anterior: --skip-venv. No cree o utilice un virtualenv, y no reemplace el pip con el pip de la galaxia. --skip-ruedas. No instale las ruedas. --no-create-venv. No cree un virtualenv, pero utilice uno si existe en .venv o si se establece VIRTUALENV (esta variable se establece por virtualenv8217s activar) --replace-pip / -no-replace-pip. Hacer / no reemplazar pip con pip Galaxy. Administrar dependencias manualmente Crear un virtualenv No se requiere el uso de virtualenv en .venv bajo el árbol de origen Galaxy. Las configuraciones más complicadas de Galaxy pueden optar por utilizar un virtualenv externo al árbol de origen de Galaxy, lo que se puede hacer no utilizando directamente run.sh (un ejemplo de esto se puede encontrar en la sección Supervisor) o utilizando --no-create -venv, explicada en la sección Opciones. También es posible forzar a Galaxy a comenzar sin una virtualenv en absoluto, pero no deberías hacer esto a menos que sepas lo que haces. Para crear manualmente un virtualenv, primero necesitará obtener virtualenv. Hay una variedad de maneras de hacer esto: instalar pip virtualenv instalar virtualenv Instale su paquete virtualenv de distribution8217s de Linux desde el gestor de paquetes del sistema (por ejemplo, apt-get install python-virtualenv). Descargue la fuente virtualenv de PyPI. Untar y ejecute el script virtualenv.py incluido en python virtualenv.py / path / to / galaxy / virtualenv Una vez hecho esto, cree un virtualenv. En nuestro ejemplo, el virtualenv vivirá en / srv / galaxy / venv y el código fuente de Galaxy se ha clonado en / srv / galaxy / server. Instalar dependencias Normalmente, run.sh llama commonstartup.sh. Que crea el virtualenv, instala el pip de la galaxia, e instala dependencias. Puede llamar a este script usted mismo para configurar Galaxy pip y las dependencias sin crear una virtualenv utilizando la opción --no-create-venv: Advertencia: Si su PYTHONPATH está establecido, puede interferir con el proceso de instalación de dependencias (esto casi seguro Ser el caso si se utiliza virtualenv-burrito). Sin -no-create-venv, la variable PYTHONPATH se desconectará automáticamente, pero asumimos que sabes lo que estás haciendo y quizás lo quieras dejar intacto si usas --no-create-venv. Si encuentra problemas, intente desarmar PYTHONPATH como se muestra en el ejemplo anterior. Instalación de dependencias sin conexión Las dependencias de Galaxy8217s se pueden instalar 8220pinned8221 (se instalarán en las versiones exactas especificadas para su versión de Galaxy) o 8220unpinned8221 (las últimas versiones de todas las dependencias se instalarán a menos que se conozcan incompatibilidades con las nuevas versiones). Por defecto, la (s) rama (s) de liberación de Galaxy utilizan versiones fijadas por tres razones: El uso de versiones fijadas asegura que las ruedas pre-construidas en wheels.galaxyproject.org serán instaladas, y ninguna recopilación será necesaria. Los lanzamientos de Galaxy se prueban con las versiones fijadas y esto nos permite dar tanta seguridad como posible que las versiones fijadas trabajarán con el lanzamiento dado de la galaxia (especialmente mientras que el tiempo progresa y las nuevas versiones de la dependencia se lanzan mientras que el lanzamiento de Galaxia recibe menos actualizaciones. Promueve el objetivo de reproducibilidad de Galaxy8217s ya que las diferentes versiones de dependencia podrían resultar en un comportamiento no reproducible.Instale las dependencias utilizando el archivo de requerimientos sin fijar y luego ordena a Galaxy que arranque sin intentar buscar las ruedas: Incluyendo --index-urlwheels.galaxyproject.org/simple/ Es importante ya que dos dependencias (pysam, Whoosh) incluyen modificaciones específicas de Galaxy que sólo están disponibles en wheels.galaxyproject.org Interacción de la rueda con otros software Manejadores de trabajo de Galaxy Todos los trabajos de Galaxy ejecutan un paso de detección de metadatos en los resultados del trabajo una vez completada la El paso de detección de metadatos requiere muchas de las dependencias de Galaxy 8217. Debido a esto, it8217s necesario para asegurarse de que el paso de detección de metadatos se ejecuta en virtualenv Galaxy8217s. Si ejecuta una configuración relativamente sencilla de Galaxy (por ejemplo, un solo proceso o varios procesos de Python Paste comenzaron a usar run.sh), entonces esto se asegura automáticamente. En configuraciones más complicadas (supervisor, el controlador 8220headless8221 Galaxy y / o el virtualenv utilizado para iniciar Galaxy no es un sistema de archivos compartido) puede ser necesario asegurarse de que los manejadores sepan dónde puede estar el virtualenv (o un virtualenv que contiene dependencias de Galaxy8217s) encontró. Si sus trabajos están fallando debido a las excepciones de Python ImportError, esto es probablemente el problema. Si es así, puede usar la etiqueta ltenvgt en jobconf.xml para generar el virtualenv. Por ejemplo: Si su servidor virtual server8217s virtualenv isn8217t está disponible en el clúster, puede crear uno manualmente utilizando las instrucciones de Administración de dependencias manualmente. Pulsar Si utiliza la opción Pulsar 8216s para establecer metadatos en el servidor remoto, se aplican las mismas condiciones que con los controladores de trabajos de Galaxy. Debe crear una virtualenv en el recurso remoto, instalar las dependencias de Galaxy8217s en ella y establecer una etiqueta ltenvgt apuntando a la virtualenv8217s activar como en la sección de controladores de trabajos de Galaxy. Las instrucciones sobre cómo crear un virtualenv se pueden encontrar en la sección Manejo de dependencias manualmente. Conda Conda y virtualenv son incompatibles. Sin embargo, Conda proporciona su propia funcionalidad de separación de medio ambiente en forma de entornos Conda. Iniciar Galaxy con Conda Python hará que --skip-venv sea implícitamente establecida, y el entorno de Conda actualmente activo se utilizará para instalar las dependencias del framework Galaxy instaead. Asegúrese de crear y activar un entorno Conda para Galaxy antes de instalar paquetes y / o iniciar Galaxy. Usted puede optar por instalar dependencias Galaxy8217s ya sea en sus versiones fijadas utilizando pip o unpinned utilizando una combinación de conda y pip. Cuando se ejecuta bajo Conda, el pip no se reemplaza con el pip Galaxy, por lo que instalar dependencias dependientes requerirá compilación, será más lenta y requiere tener dependencias de build-time dependencias8217 instaladas, pero tiene beneficios como se explica en la sección Instalación de dependencias sin apuntar. La instalación de dependencias unpinned le permite utilizar paquetes binarios Conda8217s para una instalación rápida y fácil. Las dependencias fijadas se instalarán de forma predeterminada al ejecutar run.sh. Para instalar dependencias unpinned, el proceso es similar a instalar versiones unpinned sin Conda, con el paso adicional de instalar tanto como sea posible de Conda / Bioconda antes de instalar de pip. Comience agregando el canal de Bioconda como se explica en las instrucciones de Bioconda y luego crear un nuevo ambiente de Conda utilizando el archivo de entorno Conda proporcionado. A continuación, instale las dependencias restantes utilizando pip y inicie Galaxy, indicándole que omita la recuperación automática de dependencias fijadas. UWSGI El escenario más sencillo para usar uWSGI con las dependencias basadas en la rueda es instalar uWSGI en Galaxy virtualenv (por defecto .venv) usando pip, por ejemplo: Debido a que uWSGI está instalado en el virtualenv, Galaxy8217s se encontrarán dependencias al arrancar. Si uWSGI está instalado fuera de la virtualenv (por ejemplo, desde apt) tendrá que pasar la opción -H (o uno de sus muchos alias) en la línea de comando uWSGI: Supervisor Muchos sitios de producción utilizan supervisor para administrar sus procesos de Galaxy en lugar de confiar En run.sh u otros medios. No hay una forma sencilla de activar un virtualenv cuando se utiliza el supervisor, pero puede simular los efectos estableciendo PATH y VIRTUALENV en su supervisor config: Con supervisor lt 3.0 no puede utilizar la variable de plantilla (ENVPATH) s y debe especificar el camino completo deseado . Razonamiento personalizado de pip / wheel Elegimos utilizar una versión modificada de los paquetes de pip y wheel para hacer que Galaxy sea fácil de usar. Las personas que deseen ejecutar Galaxy (especialmente sólo para el desarrollo de herramientas) pueden no ser expertos en sistemas o en línea de comandos. Desafortunadamente, los módulos de Python con extensiones C no siempre se pueden compilar fuera de la caja (normalmente debido a falta de compiladores, encabezados u otros paquetes del sistema) y los mensajes de error generados normalmente sólo se pueden descifrar a las personas experimentadas con la compilación de software y casi nunca indican cómo arreglar el problema. Además, el proceso de compilación de todas las dependencias de extensión de Galaxy8217s C puede ser muy largo si tiene éxito. Como resultado, queremos precompilar las dependencias de Galaxy8217s. Sin embargo, el formato del huevo nunca fue preparado para hacer esto en ninguna plataforma y las ruedas no podían hacerlo en Linux porque no hay compatibilidad de ABI entre distribuciones o versiones de Linux. Como una ventaja de usar la herramienta estándar (pip), si usted elige no utilizar la pipa de Galaxia, todas las dependencias de Galaxy8217s deben todavía ser instalables usando pip estándar. Aún necesitará apuntar pip en wheels.galaxyproject.org para obtener algunos paquetes modificados y los que estén disponibles en PyPI, pero esto se puede hacer con la versión sin modificar de pip. Una buena discusión temprana de estos problemas se puede encontrar en el blog de Armin Ronacher8217s sobre ruedas. Uno de los problemas que Armin discute, las incompatibilidades de intérprete Python ABI dependiendo de las opciones de tiempo de construcción (UCS2 vs. UCS4), ha sido fijado por nosotros y aceptado en pip gt 8.0 en la solicitud de extracción de pip 3075. El otro problema principal (la no portabilidad De ruedas entre distribuciones de Linux). Galaxy Pip proporciona una solución a este problema. Más recientemente, la propuesta PEP 513 propone una solución diferente al problema de la distorsión cruzada. PEP 513 también contiene una explicación técnica muy detallada del problema. Galaxy pip y la rueda Galaxy pip es un tenedor de pip en el que hemos añadido soporte para instalar ruedas que contienen extensiones C (ruedas que han compilado código binario) en Linux. La rueda de la galaxia es una bifurcación de la rueda en la cual hemos agregado la ayuda para las ruedas del edificio instalables con la pipa de la galaxia. Se pueden crear dos tipos diferentes de ruedas: 8220Simple8221 ruedas con muy pocas dependencias fuera de libc y libm construido sobre una plataforma 8220suitably old8221 (actualmente Debian Squeeze) de tal forma que deberían funcionar en todos los sistemas más recientes (por ejemplo, RHEL 6, Ubuntu 12.04). Estas ruedas llevan la etiqueta de plataforma linux no modificada (por ejemplo, linuxx8664) como se especifica en PEP 425 y que encontrará en las ruedas construidas con una rueda sin modificar. Las ruedas con dependencias externas específicas (por ejemplo, libpq.so, la biblioteca de PostgreSQL, usada por psycopg2) pueden ser construidas en cada distribución de Linux soportada y etiquetadas más específicamente para cada distribución. Estas ruedas llevan una etiqueta de la plataforma del linux (por ejemplo linuxx86ubuntu1404) y se pueden crear usando la rueda de la galaxia. El proyecto manylinux implementa las ruedas 8220Simple8221 de una manera más claramente definida y permite la inclusión de 8220non-standard8221 dependencias externas directamente en la rueda. Galaxy soportará oficialmente cualquier estándar que permita las ruedas Linux en PyPI una vez que este estándar esté completo. Compatibilidad con la plataforma de la rueda Galaxy pip y Galaxy wheel también incluyen soporte para el archivo binario-compatibility.cfg propuesto. Este archivo permite distribuciones binarias compatibles (por ejemplo, Red Hat Enterprise Linux 6 y CentOS 6) para utilizar las mismas ruedas. Este es un archivo de formato JSON que se puede instalar en / etc / python o la raíz de un virtualenv (commonstartup.sh lo crea aquí) y proporciona una correlación entre las etiquetas de la plataforma PEP 425. Por ejemplo, el siguiente binario-compatibility.cfg indica que las ruedas construidas en la plataforma linuxx86centos67 tendrán su etiqueta de plataforma sobreescrita a linuxx86rhel6. Además, las ruedas etiquetadas con linuxx8664rhel67 y linuxx8664rhel6 serán instalables en un sistema linuxx86centos67: Actualmente, Scientific Linux, CentOS y Red Hat Enterprise Linux serán establecidos como binarios compatibles por commonstartup.sh. Adición de ruedas adicionales como dependencias Galaxy Las nuevas ruedas se pueden añadir a Galaxy, o las versiones de las ruedas existentes se pueden actualizar, utilizando Galaxy Starforge. Galaxy8217s Docker basado en sistema de construcción. El proceso aún está en desarrollo y será racionalizado y automatizado con el tiempo. Por el momento, utilice el siguiente proceso para agregar nuevas ruedas: Instale Starforge (p. Ej., Con instalación de pip install starforge o python setup.py desde el origen). También necesitará tener Docker instalado en su sistema. Obtener wheels.yml (este archivo probablemente se moverá a Galaxy en el futuro) y añadir / modificar la definición de la rueda. Utilice la rueda de las estrellas --wheels-configwheels.yml ltwheel-namegt para construir la rueda. Si la rueda incluye extensiones C, probablemente deseará también usar el indicador --no-qemu para evitar que Starforge intente construir en Mac OS X utilizando QEMU / KVM. Si la construcción de la rueda tiene éxito, envíe una solicitud de extracción a Starforge con sus cambios en wheels.yml. Un miembro del grupo Galaxy Committers necesitará activar una compilación automatizada de los cambios de rueda en su solicitud de extracción. El servicio Jenkins de Galaxy8217s generará estos cambios con Starforge. Si la solicitud de extracción se fusiona, envíe una solicitud de extracción a Galaxy modificando los archivos en lib / galaxy / dependencies según corresponda. Puede intentar saltar directamente al paso 4 y dejar que el constructor de PR de la rueda de Starforge construya sus ruedas para usted. Esto es especialmente útil si simplemente está actualizando una versión de wheel8217s existente. Sin embargo, si está agregando una nueva rueda de extensión C que no es fácil de construir, es posible que tenga que pasar por muchas iteraciones de actualización del PR y tener un miembro del grupo de Galaxy Committers activando las compilaciones antes de que las ruedas se construyan correctamente. Puede evitar este ciclo realizando los pasos 1 a 3 localmente. Copy Copyright 2016, Galaxy Team.Table of Contents: Slpkg es un potente gestor de paquetes de software que instala, actualiza y elimina paquetes en sistemas basados ​​en Slackware. Calcula automáticamente las dependencias y calcula qué cosas deben ocurrir para instalar los paquetes. Slpkg hace que sea más fácil mantener grupos de máquinas sin tener que actualizar manualmente. Slpkg trabaja de acuerdo con los estándares de la organización slackbuilds.org para construir paquetes. También utiliza las instrucciones de Slackware Linux para la instalación, actualización o eliminación de paquetes. Lo que hace que slpkg lo distinga de otras herramientas La facilidad de uso es su objetivo principal, así como fácil de entender y usar, también utiliza el color para resaltar los paquetes y mostrar mensajes de advertencia, etc Resolución de dependencia Dependencias visualizaciones Múltiples opciones Múltiples repositorios Fácil configuración Totalmente configurable Adaptabilidad Opciones de gran alcance Generador de fuentes Proceso más rápido Mejor seguridad Descargue la última versión: pygraphviz para dibujar diagrama de dependencias gráfico-fácil para dibujar diagrama de dependencias ascii Desde la versión 2.1.4 puede actualizar slpkg con slpkg update slpkg. En cada actualización de slpkg debe realizar un seguimiento de los archivos de configuración en la carpeta / etc / slpkg para ver los cambios. Repositorios disponibles por defecto: Necesita ejecutar la actualización de slpkg por primera vez para sincronizar la lista de paquetes, también cada vez que agregue un nuevo repositorio. Para añadir o eliminar depósitos debe editar el archivo /etc/slpkg/repositories.conf o ejecutar slpkg repo-enable (se requiere python2-pythondialog). Agregue repositorios personalizados con el comando slpkg add-repo ltrepository namegt ltURLgt y después ejecute slpkg update para actualizar la lista de paquetes. Ver la lista de repositorios con el comando slpkg repo-list u obtener información del repositorio con el comando slpkg repo-info ltrepositorygt. Actualizar slpkg en sí simplemente ejecute slpkg update slpkg y slpkg check desde el repositorio de GitHub si hay nuevas versiones disponibles. Comprobación de la integridad de los paquetes con el comando slpkg health y slpkg comprueban si faltan archivos en la lista de archivos del paquete. Estado de las dependencias de impresión utilizado por los paquetes con el comando slpkg deps-status o las dependencias del mapa de imágenes con opción adicional --graphimage. Administrar nuevos archivos de configuración con el comando slpkg new-config como eliminar, sobrescribir, combinar, etc. Si ya ha descargado el script y el código fuente, puede crear el paquete con el comando slpkg ltscript.tar.gzgt ltsourcesgt. Administrar paquetes en la lista negra con el comando slpkg -b ltpackagesgt --add o --remove. Añadir paquetes de SBo a la cola con el comando slpkg -q ltpackagesgt --add o --remove y administrar como construir, instalar o construir e instalar con el comando slpkg construir o instalar o construir-instalar. Esto es muy útil si desea instalar varios paquetes en conjunto basta para agregar en el orden correcto si hay paquetes dependientes. Ver la lista de paquetes de un repositorio específico con el comando slpkg -l ltrepositorygt. Combine con el comando grep para obtener los resultados que desea. Compruebe y actualice su distribución o actualice sus paquetes con el comando slpkg -c ltrepositorygt --upgrade. No se olvide de actualizar la lista de paquetes antes (para el repositorio flojo no es necesario). Este comando, excepto los paquetes de actualización, arreglará paquetes con dependencias quebradas. Desactive las dependencias de resolución automática con la opción adicional --resolve-off. Utilice la opción --checklist para ayudarle a elegir paquetes sencillos. Para usuarios avanzados, la opción --skip les da más poder (vea la página de manual). El comando más famoso es slpkg -s ltrepositorygt ltpackagesgt. Este comando descarga e instala paquetes con resolver todas las dependencias o apagar resolución con la opción adicional --resolve-off. Además, las opciones adicionales --case-ins le ayudan a encontrar paquetes sin distinción de mayúsculas y minúsculas. Dos nuevos argumentos le ayudarán a reconstruir --rebuild o reinstall --reinstall packages. Seguimiento de las dependencias de un paquete con el comando slpkg -t ltrepositorygt ltpackagegt. Muestra un árbol de dependencias de paquetes y también indica cuáles están instaladas en los eventos del sistema. Compruebe si los paquetes se usan desde otros paquetes con la opción adicional --check-deps o dibujo mapa de imágenes dependencias con la opción adicional --graphimage. Obtenga la descripción de la información de un paquete con el comando slpkg -p ltrepositorygt ltpackagegt y cambie el texto de color con otro flag --color. Ver una página SBo paquete en su terminal con el comando slpkg -n ltpackagegt y luego administrar múltiples opciones tales como leer, descargar, construir, instalar etc Si desea encontrar paquetes de todos los repositorios, este comando resolverá sus manos slpkg -F ltpackagesgt. Se buscará en todos los repositorios habilitados encontrará el archivo de configuración /etc/slpkg/repositories.conf imprimirá todos los paquetes que coincidan con la descripción que ingrese. Si desea ver si hay paquetes instalados en su sistema, escriba el comando slpkg -f ltpackagesgt. La sorpresa al final es el reporte de la suma de los paquetes y el tamaño encontrado. Los siguientes cuatro comandos slpkg --installpkg, --upgradepkg, --removepkg ltpackagesgt instalan, actualizan, eliminan los paquetes de los eventos del sistema. Mención notable debe dar el comando slpkg --removepkg ltpackagesgt que puede eliminar un paquete con todas las dependencias juntas después de editar el archivo de configuración /etc/slpkg/slpkg.conf (por defecto es disable) o añadir la opción adicional --deps. También puede comprobar si los paquetes se utilizan como dependencia con la opción adicional --check-deps. Option --tag permite eliminar los paquetes con TAG. Opcional, puede utilizar la utilidad de diálogo con la opción adicional --checklist (requiere python2-pythondialog). El último comando es útil para imprimir todo el contenido de un paquete instalado en el sistema con el comando slpkg -d ltpackagesgt. A continuación se muestran algunos ejemplos. Por favor, informe de cualquier error en las CUESTIONES
Ejercicio de la definición de opciones sobre acciones
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